В статье на основе текущих архивов Сибирского предприятия «Наука» РАН (Новосибирской типографии № 4) и Сибирской издательской фирмы «Наука» РАН анализируются особенности научного книгоиздания в СО РАН в 1990-2000 гг. Рассмотрены нормативно-правовые документы Президиума СО РАН, регламентировавшие организационную и финансовую стороны деятельности Сибирского отделения в области научного книгоиздания при переходе от централизованной к автономной научно-издательской деятельности. Прослежена история создания Издательства СО РАН, выявлены предпосылки и цели его учреждения. Раскрыты отношения в области научного книгоиздания между Президиумом СО РАН и структурными подразделениями Издательства «Наука» РАН.