Выпуск научных журналов всегда был специфической сферой научно-издательской деятельности. В XXI в. внедрение инноваций в систему научных коммуникаций, коммерциализация научно-издательской практики, структурные и функциональные изменения в Академии наук и системе высшего образования, новые требования к публикационной активности ученых породили новые проблемы и противоречия, влияющие на практику выпуска научных журналов. Сложившиеся противоречия не могут быть разрешены составлением очередного рейтинга журналов и требуют системного подхода в осуществлении мер нормативно-правового, финансового и межведомственного регулирования этой деятельности.