Потенциальные сайты связывания фактора транскрипции SF-1: выявление методом SiteGA, экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней

Климова Я.В.

Левицкий В.Г.

Игнатьева Е.В.

Васильев Г.В.

Кобзев В.Ф.

Бусыгина Т.В.

Меркулова Т.И.

Колчанов Н.А.

Молекулярная биология

№ 3 / 2006

страницы: 512-523

Фактор транскрипции SF-1 (Steroidogenic Factor-1) регулирует экспрессию генов стероидогенеза, координирует развитие и функционирование гипоталамо-гипофизарно-гонадного и адреналового комплексов, играет важную роль в развитии и функционировании репродуктивной системы. Фактор SF-1 входит в суперсемейство ядерных рецепторов, он активирует экспрессию генов, связываясь в виде мономера с ДНК. Представлен метод SiteGA распознавания сайтов связывания фактора транскрипции SF-1. Метод SiteGA основан на использовании генетического алгоритма и дискриминантного анализа для выявления контекстных особенностей ДНК в пределах протяженной (93 п.н.) области расположения сайтов связывания SF-1 обучающей выборки. На примере распознавания сайта SF-1 показано, что предложенный метод характеризуется лучшей точностью распознавания в сравнении с широко используемым методом весовых матриц. Экспериментальная проверка 18 предсказанных сайтов SF-1, локализованных в регуляторных областях генов системы стероидогенеза, показала, что 15 (83%) из них действительно взаимодействуют с SF-1. Приведены результаты анализа представленности потенциальных SF-1-сайтов в регуляторных районах генов различных функциональных групп и поиска новых генов-мишеней SF-1 в геноме человека. В качестве таких мишеней предложена группа генов, кодирующих рецепторы цитокинов, рецепторы факторов роста и белки, участвующие в передаче сигналов от них, а также группа генов, экспрессирующихся в придатке семенника. Предсказана и подтверждена экспериментально экспрессия SF-1 в придатке семенника.