научная статья

Потенциальные сайты связывания фактора транскрипции SF-1: выявление методом SiteGA, экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней

Климова Я.В.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Левицкий В.Г.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской Академии наук, Новосибирск
Новосибирский государственный университет
Игнатьева Е.В.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской Академии наук, Новосибирск
Новосибирский государственный университет
Васильев Г.В.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Кобзев В.Ф.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Бусыгина Т.В.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Меркулова Т.И.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской Академии наук, Новосибирск
Новосибирский государственный университет
Колчанов Н.А.
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской Академии наук, Новосибирск
Новосибирский государственный университет
Молекулярная биология
№ 3 / 2006
страницы: 512-523
Фактор транскрипции SF-1 (Steroidogenic Factor-1) регулирует экспрессию генов стероидогенеза, координирует развитие и функционирование гипоталамо-гипофизарно-гонадного и адреналового комплексов, играет важную роль в развитии и функционировании репродуктивной системы. Фактор SF-1 входит в суперсемейство ядерных рецепторов, он активирует экспрессию генов, связываясь в виде мономера с ДНК. Представлен метод SiteGA распознавания сайтов связывания фактора транскрипции SF-1. Метод SiteGA основан на использовании генетического алгоритма и дискриминантного анализа для выявления контекстных особенностей ДНК в пределах протяженной (93 п.н.) области расположения сайтов связывания SF-1 обучающей выборки. На примере распознавания сайта SF-1 показано, что предложенный метод характеризуется лучшей точностью распознавания в сравнении с широко используемым методом весовых матриц. Экспериментальная проверка 18 предсказанных сайтов SF-1, локализованных в регуляторных областях генов системы стероидогенеза, показала, что 15 (83%) из них действительно взаимодействуют с SF-1. Приведены результаты анализа представленности потенциальных SF-1-сайтов в регуляторных районах генов различных функциональных групп и поиска новых генов-мишеней SF-1 в геноме человека. В качестве таких мишеней предложена группа генов, кодирующих рецепторы цитокинов, рецепторы факторов роста и белки, участвующие в передаче сигналов от них, а также группа генов, экспрессирующихся в придатке семенника. Предсказана и подтверждена экспериментально экспрессия SF-1 в придатке семенника.