В настоящее время библиотеки СО РАН ведут информационное сопровождение научных исследований девяти региональных научных центров (НЦ). Произошедшее объединение региональных отделений РАН с академиями медицинских и сельскохозяйственных наук в ходе реформирования РАН, открыло пути к созданию десятого - Алтайского научного центра. Предполагается, что число библиотек ЦБС СО РАН увеличится, и между ними могут возникнуть новые организационные формы сотрудничества. Согласно новому Уставу, ГПНТБ СО РАН по-прежнему является научно-методическим центром централизованной библиотечной системы (ЦБС) академических библиотек Сибирского региона, однако в ее Уставе не определены регламенты взаимодействия информационно-библиотечных структур ЦБС СО РАН.